这是一个怪兽如日常般威胁人类的世界。日比野卡夫卡原本立志加入“日本防卫队”，却放弃梦想，在怪兽清扫公司工作。与他一同发誓“两人一起消灭所有怪兽”的发小亚白米娜已经成为第三部队队长大显身手，再加上遇到了想要加入防卫队的后辈市川莱诺，以此为契机，卡夫卡再次开始追逐梦想。

卡夫卡的怪兽身份曝光，被编入由“最强部队长”鸣海弦率领的第 1 部队。他必须直面体内“怪兽 8 号”的惊人力量，而“怪兽 9 号”的威胁也悄然逼近……